При innerHTML js не выполняется. Да и HTML-код при этом не очень то валидный получится: head/body внутри body/div. Если надо эту страницу подключить аяксом, то решение получается достаточно сложным. Ajax-ответ придется разделить на части:
вставляемый html div/form/input
external js (массив ссылок на js-файлы)
inline js
В ajax-обработчике success, каждую из вышеописанных частей обработать отдельно:
вставить html
динамически подключить внешние js-файлы, если они ранее не были подключены
после успешной загрузки их всех (точнее, последнего из них) выполнить inline-js (eval)